Балтийское море – уникальная экологическая система, самое большое море в мире с низким содержанием соли. Море принадлежит бассейну Атлантического океана, почти со всех сторон окружено сушей и соединяется с Северным морем Атлантического океана двумя узкими и неглубокими проливами. Средняя глубина Балтийского моря — 52 метра. Низкая соленость моря обусловливается особенностями географического положения и большими объемами пресной воды из многочисленных впадающих рек. Соленость воды в разных районах Балтийского моря значительно отличается, что связано со слабым вертикальным перемещением слоев воды: от 11% в западной части до 2-3% в Финском, Рижском и Ботническом заливах при средней солености Мирового океана 35%.
Флора и фауна Балтийского моря отличается уникальным сочетанием морских и пресноводных видов, ареалы распространения которых во многом зависят от солености воды. По разнообразию населяющих его видов Балтийское море существенно уступает другим морям, однако, в нем обитают 116 видов рыб, многие из которых имеют важное промысловое значение. Значительные перепады уровня кислорода в глубинных более соленых слоях воды, которые во многом зависят от динамики водообмена с океаном, и качество пресной воды, попадающей в море, оказывают существенное влияние на колебания численности отдельных видов живых организмов и на экосистему в целом.
Среднее время полной замены воды в Балтийском море составляет около 30-50 лет, что связано с отсутствием полноценного водообмена с водами Северного моря. Особенности гидрологических процессов, мелководность, скудность природного мира, замедленность природных процессов самоочищения, протяженная береговая линия с большим количеством промышленно-индустриальных густонаселенных городов, площадь и характер водосборного бассейна — все эти факторы делают экосистемы Балтийского моря особенно уязвимыми к антропогенному воздействию и климатическим изменениям.
Наряду с промышленно-бытовыми загрязнениями и интенсивной сельскохозяйственной деятельностью в прибрежных зонах и водосборных районах, отходы военного производства и захоронения химического оружия на дне Балтики и широкое применение атомной энергетики в прибрежных государствах являются постоянным фактором экологического риска.